“中心本部”设在地理科学与资源研究所，其主要任务是：制定数据标准规范及数据使用政策；数据档案管理；数据分发与共享服务；集成“中心本部”数据库和各“分中心”数据库；“中心本部”数据库的数据更新和应用示范；数值研究环境应用示范。
分中心/*科学院资源环境科学数据中心“分中心”挂靠相关共建研究所，其主要任务是：有关主题数据库的建设、共享服务与应用示范；区域资源环境空间数据库的建设、服务与应用示范；分中心数据档案管理；分中心数据更新行。“中心”目前设立9个“分中心”：
资源环境遥感数据分中心
沼泽湿地与东北数据分中心
土壤数据分中心
湖泊与华东数据分中心
绿洲与新疆数据分中心
冰川冻土沙漠与西北数据分中心
山地与西南数据分中心
中南资源环境数据分中心
植被与生物多样性数据分中心
