2001年8月28日，南昌航院与江西福田房地产开发公司签署合作办学协议，兴办“正翔学院”（二级本科学院）。
2001年9月13日，首届二级本科学员报到入学。学员348名。
2002年2月7日，江西省教育厅、江西省发展计划委员会以赣教计字[2002]14号文批复：同意将南昌航空工业学院赣航学院更名为南昌航空工业学院科技学院。启用新印鉴：南昌航空工业学院科技学院。
2003年12月23日，国家教育部教发函[2003]543号文《教育部关于对江西省普通高等学校举办的独立学院予以确认的通知》，2004年赣教计字[2004]5号文转发，确认：“南昌航空工业学院科技学院为‘独立学院’”。
2007年3月，学校更名为南昌航空大学，国家教育部在网上公告南昌航空工业学院科技学院更名为南昌航空大学科技学院。
2009年9月3日，经第六次党委会研究决定：①成立航空工程系，下设飞行器制造工程、机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、焊接技术与工程四个专业。②成立材料工程系（建筑工程系），下设金属材料工程、高分子材料与工程、应用化学、土木工程等四个专业，两系合署办公。③撤销原机械与材料工程系。
2009年11月11日，科院发[2009]14号文，经第二次党政联席会研究决定：①经济与管理系设立经济与管理系综合教研室、材料工程系设立材料工程系综合教研室。②因系部调整原机械与材料工程系原有机构撤销。[1]
2009年12月23日，该院在昌飞公司举行教学实习基地挂牌仪式。
2011年7月，南昌航空大学按照教育部26 号令要求，探索新的合作办学模式，与投资方万荣生先生合作办学，科技学院2012级新生入住银三角新校区。学院法人变更为万荣生。[2]
2012年6月，因各方面原因，学校中止与万荣生合作办学，2012级学生从银三角校区搬回原南昌市上海路校区科技学院维续立足上海路校区办学。
2013年底，省委、省政府把我院纳入到共青城先导区大学城建设规划，学校与共青城政府、中航国际签订合作办学协议。2014 年1月，学院法人变更为现任南昌航空大学科技学院院长徐光井。
2016 年9 月开始，学院进驻共青科教城办学，2016级新生在共青城市南湖新区科教城就读。
师资力量/南昌航空大学科技学院学院现有专任教师347名，其中，研究生以上学历教师占教师的78%，高级职称教师占教师的34%。
机构设置/南昌航空大学科技学院 2014 年，为适应学院改革与发展的需要，经学院党政联席会讨论研究决定，对学院原有行政部、教学系部、教辅部门进行了调整。目前，学院的主要机构设置如下:(一) 行政机构设置
党政综合办公室、人力资源办公室、教学与科研办公室、学生工作办公室、团委、计划财务办公室、后勤与资产办公室、综治保卫办公室。
(二)教学部门设置
1.机械与材料学部2.信息与电子学部3.管理与经济学部4.文学与艺术学部5..思政与基础教学部
(三)教辅机构设置
1.图书馆，下设办公室、采编中心、读者服务中心、系统中心、期刊中心、流通阅览室中心。
2.实践教学部，下设实验中心，现代教育中心。3.国际教育培训中心。
院系设置/南昌航空大学科技学院 学院目前下设机械与材料学部（一学部）、信息与电子学部（二学部）、管理与经济学部（三学部）、文学与艺术学部（四学部）、思政与基础教学部等5个教学学部，设有34个本科专业。（以2017级为准）
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现任领导/南昌航空大学科技学院 院长李建萍
党委书记游永彬
副书记、副院长江天光
副院长谢友宝
副院长舒叔宝
副院长张琦
