体延长，稍粗壮，吻端向背鳍上斜，后部侧扁。头略大而纵扁，头背大部裸露；上枕骨棘宽短，接近项背骨。吻部背视钝圆。口大，下位，弧形。颌齿及腭齿绒毛状，均排列呈带状。眼中等大，侧上位，眼缘游离；眼间隔宽，略隆起。
背鳍较小，具骨质硬刺，前缘光滑，后缘具细锯齿，起点距吻端大于距脂鳍起点。脂鳍短，基部位于背鳍基后端至尾鳍基中央偏前。臀鳍基底长，起点位于脂鳍起点垂直下方之前，距尾鳍基小于距胸鳍基后端。胸鳍侧下位，骨质硬刺前缘锯齿细小而多，后缘锯齿粗壮而少。腹鳍短，末端伸达臀鳍，起点位于背鳍基稍后的垂直下方，距胸鳍基后端大于距臀鳍起点。肛门距臀鳍起点与距腹鳍基后端约相等。尾鳍深分叉，末端圆，上、下叶等长。
性别鉴别：黄颡鱼的性别主要可以从第二性征加以鉴别，雌体腹鳍后面依次是肛门、生殖孔和泌尿孔，其中后面两孔靠得很近。性成熟的雌亲鱼体形较短粗，腹部圆而饱满，且富有弹性，将雌亲鱼从背部向上托起，外观上可以看到比较明显的卵巢轮廓，生殖孔明显，红肿略外突。雄性个体腹鳍后面依次是肛门、生殖突，生殖突末端的开口是泄殖孔。性成熟的雄亲鱼个体一般大于雌亲鱼个体，在臀鳍前肛门后有明显的0.5～0.8厘米生殖突起，呈乳头状，略显红色。
白天潜伏水底或石缝中，夜间活动、觅食，冬季则聚集深水处。适应性强，即使在恶劣的环境下也可生存，甚至离水5～6小时尚不致死。黄颡鱼较耐低氧，溶氧2毫克/升以上时能正常生存，低于2毫克/升时出现浮头现象，1毫克/升出现窒息死亡。黄颡鱼适于偏碱性的水域，pH适范围7.0～8.5，耐受范围6.0～9.0之间。黄颡鱼对盐度耐受性较差，经过渡可适应2～3‰氯化钠，高于3‰时出现死亡。
黄颡鱼仔鱼孵出1～3天，体长5.0～8.0毫米，从自身卵黄囊吸取营养，行内源性营养。4天以后卵黄囊基本消失，体长8.1～9.0毫米为仔鱼开口摄食阶段，主要摄食轮虫、小型枝角类及桡足类幼体，9.0毫米l以上仔鱼完全以外界食物为食，行外源性营养。全长13.1～14.00毫米的仔鱼，随鱼体生长，口径增大开始摄食大型枝角类及桡足类和一些原生动物。全长15.1毫米以上的仔鱼，则开始摄食更大的动物，如摇蚊幼虫及寡毛类等。所以黄颡鱼仔鱼摄食的变化规律为轮虫（小型枝角类、桡足类幼虫）一大型枝角类（桡足类）一摇蚊幼虫（寡毛类）。
黄颡鱼为一年一次性产卵型鱼类，在自然条件下有集群繁殖习性。繁殖季节在5月中旬至7月中旬，水温变化幅度为25~30.5℃。黄颡鱼一般在2龄时性成熟，澄湖黄颡鱼在1冬龄时也达性成熟，在测定的标本中，小成熟个体中雌鱼体长11.5厘米，雄鱼体长13.5厘米，雌鱼的性成熟较雄鱼早。黄颡鱼怀卵量2500～16500粒，平均4000粒，相对怀卵量58.33～77.77粒/克，平均65.71粒/克。黄颡鱼的主要繁殖区域在水位浅、底质硬、有一定滩脚、透明度高、水流缓慢、饵料资源丰富、适宜筑巢孵化的水域。