发酵床生态养殖的核心技术主要表现在菌种功能方面，其质量优劣直接影响圈舍粪尿的降解效率和发酵床使用年限。例如有的自行采集微生物菌种给养殖户做发酵床使用，质量就难以保障，使用后发酵床使用时间短，有的使用几个月，有的甚至于制作完发酵床垫料不产热，给养殖户造成很大的经济损失和人力的浪费。而保险也方便省事的办法是从专业生产益生菌厂家购买发酵菌种，选择有实践经验，品牌、优质产品，并能提供技术指导和售后服务的厂家。
所以敬请要制作发酵床的养殖户，为了您们的生态养殖事业成功，在选购菌种时，不要以价钱为标准来衡量菌种的好坏，要看厂家的经济实力，经济实力雄厚的生产厂家，能生产出高、优质的益生菌产品，有高素质的技术服务质量和售后服务体系。相反有少数的生产厂家，为了自己的经济利益，销售不合格产品，产品质量没保障，又没有很好的技术服务，这样的菌种使用后发酵床是没有保障的。